医疗机构排出的污水来源及成份十分复杂，污水中含有大量的传染性病菌、病毒和化学药剂等有害物质，具有极大的危害性和传染性。特别是传染病区排出的污水，若未经过严格的无害化处理而进入城市下水管道或环境水体，会引起水源污染和传染病暴发流行，严重危害人们的身体健康。

目前，医疗废水的处理工艺，主要由沉淀消毒处理和二级生化消毒处理工艺。具体处理工艺可根据出水要求进行选择。当处理废水可排入城市污水管网时，采用特殊处理，要求直接排放时，采用二级处理工艺。